Il Parco Nazionale di Komodo comprende, oltre all'isola omonima, altri due isolotti appartenenti all'arcipelago delle Piccole Isole della Sonda (Rinca e Padar), un breve tratto dell'isola di Flores e circa 1300 chilometri quadrati di mare. Komodo si trova nella zona dell'Indonesia meno interessata dal monsone nord-orientale: quando, fra novembre e aprile, buona parte dell'Asia è colpita dai nubifragi, le piogge che cadono sull'isola sono molto modeste e sono seguite da un periodo di siccità che si protrae per tutto l'anno. A causa della vicinanza all'Equatore, inoltre, la temperatura si mantiene sempre su valori elevati e raggiunge i 40-45°C nei mesi più secchi.

Di origine vulcanica e di modeste dimensioni (ha una lunghezza di 35 chilometri e una larghezza che varia dai 5 ai 15), Komodo è caratterizzata da una serie di promontori che scendono a picco sul mare e, all'interno, da una morfologia piuttosto accidentata, attraversata da una serie di leggeri rilievi la cui altitudine varia fra i 500 e i 600 metri. I pendii sono ricoperti dalla foresta monsonica secca o dalla savana. 

Le coste sono fronteggiate da isolotti e scogliere coralline che rendono difficile la navigazione e che, insieme alla presenza di forti correnti marine e alla scarsità d'acqua potabile, hanno scoraggiato gli insediamenti umani. L'isola di Rinca, morfologicamente simile a Komodo, è situata accanto all'isola di Flores, alla quale forse un tempo era unita. Dal Monte Doro Ora (670 metri di altitudine) si può godere una piacevole vista sull'arcipelago circostante. È presente un solo insediamento umano, il villaggio di Kampung Rinca, con circa 600 abitanti.  

La piccola isola di Padar, lunga 9 chilometri e situata fra Komodo e Rinca, è perfetta per l'eco turismo: si possono percorrere magnifiche spiagge di sabbia corallina e osservare dalla costa i grandi mammiferi marini. Anche qui, come a Komodo, la mancanza di acqua potabile ha di fatto impedito gli insediamenti umani, mantenendo l'isola allo stato vergine.

La presenza a Flores di una piccola popolazione del varano di Komodo, il grande sauro che costituisce l'attrattiva principale del Parco e anche il motivo principale della sua istituzione, ha fatto allargare l'area protetta a un tratto di quest'isola e al braccio di mare adiacente.  

A Komodo e nelle isole vicine la scarsità delle piogge e la lunga durata della stagione asciutta determinano lo sviluppo di una flora caratteristica, propria di altre latitudini. La foresta monsonica secca, che occupa circa un quarto della superficie e si estende nelle valli costiere e sui pendii delle colline e delle montagne, rappresenta l'habitat ideale per il varano di Komodo. Ma l'ecosistema più esteso su queste isole è rappresentato dalla savana (circa il 70% della superficie), dove l'erba è molto alta e dove crescono radi alberi appartenenti a poche specie. 

La più diffusa è una palma che riveste un certa importanza nell'economia di buona parte dell'arcipelago indonesiano: le sue foglie, infatti, erano utilizzate in passato per produrre la carta su cui vennero scritti gli antichi libri di Bali, mentre oggi dalle stesse foglie si ricava la materia prima per avvolgere le sigarette. Le foreste di mangrovie, infine, che crescono nelle baie al riparo dalle correnti, occupano il 5% dell'area protetta.  

Fra gli animali che popolano il Parco, quello di maggior interesse è senza dubbio il varano di Komodo. Per le sue dimensioni, gli abitanti delle isole lo chiamano "buaja darat", il "coccodrillo di terra". E in effetti un esemplare adulto, in genere, supera i tre metri di lunghezza e si aggira intorno ai 70 chilogrammi di peso. Ma il varano di Komodo non è un coccodrillo: appartiene alla famiglia dei varanidi, la stessa di cui fanno parte le lucertole. 

E, anzi, il più grande rappresentante di tutto l'ordine dei rettili squamati, e costituisce una specie di eccezionale valore per gli studiosi dell'evoluzione. Walter Auffenberg, pioniere degli studi su questi nipotini dei dinosauri, diceva: "Quando questo animale decide di attaccare, non c'è nulla che lo possa fermare". Sarà forse questa la ragione per cui, nonostante possa muoversi al massimo a 20 chilometri all'ora, intorno alle doti di terribile predatore del varano di Komodo sono fiorite innumerevoli leggende.  

I giovani varani si cibano di uccelli, uova, carcasse di animali morti e di un roditore endemico, il Rattus rintjanus; gli adulti catturano anche cinghiali, cervi, macachi e qualunque capo di bestiame rinselvatichito, come i bufali indiani e i cavalli. I varani usano vari sistemi per procurarsi il cibo. Con l'aiuto dell'olfatto cercano le carogne oppure, celati fra l'erba alta grazie al colore mimetico della pelle, si avvicinano silenziosi alla preda e l'azzannano con i denti forti e affilati. Un'altra tecnica di caccia è quella di sostare in agguato lungo i percorsi battuti dalle prede, specialmente al limite fra il bosco e la savana.  

Anche se il varano di Komodo è l'ospite più illustre del Parco, non bisogna dimenticare che nella zona protetta la fauna è molto ben differenziata, con 7 specie di mammiferi terrestri e 72 di uccelli, fra i quali il cacatua ciuffogiallo minore e il megapodio di Freycinet, esclusivi di questa zona insulare. 

Il Komodo National Park, inoltre, vanta un'importante barriera corallina che ospita una delle faune ittiche più ricche del mondo, un ecosistema seriamente minacciato dalla pesca di frodo, che negli ultimi decenni è stata tranquillamente praticata con mezzi estremi come la dinamite. Vi si contano mammiferi marini come la balena azzurra, in pericolo di estinzione, il capodoglio e dieci specie di delfini, tra i quali il dugongo, inserito tra le specie vulnerabili della Red List.