Formando una dorsale montuosa che corre da nord a sud lungo la penisola di Pujada nella parte sud-orientale del corridoio della biodiversità di Mindanao orientale, il Mount Hamiguitan Range Wildlife Sanctuary ha un'altitudine di 75-1.637 m sul livello del mare e fornisce un habitat critico per una serie di specie vegetali e animali. La proprietà presenta habitat terrestri e acquatici e le specie che ospitano a una serie di altitudini diverse rispondono a condizioni del suolo e del clima altamente diverse. 

Il Mount Hamiguitan Range Wildlife Sanctuary fornisce un santuario a una serie di specie di flora e fauna minacciate a livello globale ed endemiche, otto delle quali non si trovano da nessun'altra parte se non sul Monte Hamiguitan. Tra queste ci sono alberi e piante in pericolo critico e l'iconica aquila filippina e il cacatua filippino. 

Nella riserva sono state censite 163 specie di piante endemiche, pari a circa il 5% del totale delle specie endemiche delle Filippine.

Sono rappresentati 5 differenti ecosistemi:

- nella fascia altitudinale tra 75 e 420 m, un tempo ricoperta dalla foresta di bassa quota, dominano attualmente le coltivazioni di noci di cocco e banane; sopravvivono isolati esemplari di Shorea guiso e Shorea polysperma, a testimonianza della foresta primitiva.

- nella fascia altitudinale tra 420 e 920 m prevale la foresta di Dipterocarpaceae, dominata da specie ad alto fusto e rampicanti.

- dai 920 ai 1160 m si estende la foresta montana, caratterizzata dalla presenza di numerose specie di muschi, licheni e piante epifite. Agathis philippinensis ed altre gimnosperme dominano questa fascia, nella quale si riscontra anche una notevole abbondanza di Nepenthes spp.

- ad altitudini comprese tra 1160 e 1350 m si sviluppa la tipica foresta nebulosa, con prevalenza di Calophyllum blancoi, Dacrydium elatum, Calamus spp. e Pinanga spp. e grande abbondanza di muschi, che formano folti strati ricoprenti le radici e i tronchi degli alberi. Tra le epifite si registra una prevalenza di Freycinetia spp. (Pandanaceae).

- nelle parti più elevate della catena sorge la foresta nana, dominata da essenze arboree di piccola taglia, con tronchi e rami contorti, con una altezza media di 1.4 m (0.5–2.5 m).
Questa tipologia di foresta ha substrati dominati da rocce ultrabasiche, con alte concentrazioni di ferro e magnesio, sui quali crescono solo un ristretto numero di piante altamente specializzate. Tra di esse le piante carnovore Nepenthes alata, Nepenthes hamiguitanensis e Nepenthes peltata che prediligono i substrati ultrabasici, Scaevola micrantha e altre Scaevola spp., Suregada glomerulata e Ochrosia glomerata.

La maggiore biodiversità si concentra nella foresta montana (462 specie), seguita dalla foresta a dipterocarpaceae (338 specie) e dalla foresta nebulosa (246 specie).

Il Mount Hamiguitan Range Wildlife Sanctuary rappresenta un ecosistema montano completo, sostanzialmente intatto e altamente diversificato, in una significativa regione biogeografica delle Filippine. La sua diversità di piante e animali include specie minacciate a livello globale, nonché un gran numero di specie endemiche, tra cui quelle che esistono solo nelle Filippine, solo a Mindanao e solo nella proprietà nominata. La fragile foresta tropicale "bonsai" che incorona il Mount Hamiguitan Range Wildlife Sanctuary incarna il tentativo della natura di sopravvivere in condizioni avverse. Come risultato del suo semi-isolamento e dei suoi vari tipi di habitat che crescono in condizioni di terreno e climatiche diverse, la sua biodiversità ha mostrato un livello significativamente elevato di endemicità che ha portato gli scienziati a credere che potrebbero esserci altre specie uniche a livello globale in attesa di essere scoperte nell'area. 

La combinazione di ecosistemi terrestri e acquatici all'interno dei confini della proprietà e il gran numero di specie che abitano ciascuno di essi rendono il Mount Hamiguitan Range Wildlife Sanctuary la casa di un totale di 1.380 specie con 341 endemismi filippini che includono specie in pericolo critico come l'iconica aquila filippina (Pithecophaga jefferyi) e il cacatua filippino (Cacatua haematuropygia), così come gli alberi Shorea polysperma, Shorea astylosa e l'orchidea Paphiopedilum adductum. Il suo alto livello di endemismo è ben esemplificato dalla proporzione delle sue specie di anfibi (75% endemici) e rettili (84% endemici). 

Il Mount Hamiguitan Range Wildlife Sanctuary presenta una segmentazione degli habitat terrestri in base all'altitudine. Nelle quote più basse, l'agroecosistema e i resti delle foreste di dipterocarpi ospitano circa 246 specie vegetali, tra cui un numero significativo di specie endemiche come i dipterocarpi minacciati a livello globale del genere Shorea. L'ecosistema forestale di dipterocarpi a 420-920 m slm è caratterizzato dalla presenza di grandi alberi e ospita 418 specie vegetali e 146 specie animali, tra cui specie minacciate come la colomba Mindanao Bleeding-heart e il maialino verrucoso delle Filippine. 

A quote più elevate, l'ecosistema forestale montano presenta numerose specie di muschi, licheni ed epifite. Questo tipo di ecosistema ospita 105 specie animali che rappresentano tutti i gruppi animali presenti nel Mount Hamiguitan Range Wildlife Sanctuary, nonché la specie di ratto scoperta relativamente di recente, il ratto peloso di Hamiguitan. Il quarto tipo di ecosistema è il tipico ecosistema della foresta muschiosa caratterizzato da spessi muschi che ricoprono radici e tronchi d'albero; fornisce l'habitat per il pipistrello della frutta pigmeo delle Filippine e la minacciata raganella dal muso appuntito. In cima (1160-1200 m slm) si trova l'ecosistema della foresta muschiosa-pigmea, che aggiunge uno strato unico di foresta tropicale naturale di bonsai alla proprietà. È l'unico habitat noto al mondo della pianta carnivora e della farfalla Delias.