Il Pozzo di Messel è una miniera non più utilizzata che si trova nei pressi di Messel, una località situata 35 chilometri a sud di Francoforte sul Meno, in Germania; qui si estraevano scisti bituminosi ma, a causa dell'enorme numero di fossili che sono stati trovati, il luogo riveste una notevole importanza dal punto di vista geologico e scientifico. 

Il Grube Messel fornisce inoltre importanti indicazioni sull'evoluzione e sulla vita 47 milioni di anni fa attraverso reperti di 109 famiglie di piante, 8 specie di pesci, 31 di rettili, 5 di anfibi, oltre 50 di volatili e più di 30 di invertebrati, per lo più insetti.

Il pozzo cominciò a divenire famoso per i fossili che vi si ritrovavano agli inizi del XX secolo, ma solo negli anni '70 si iniziarono ricerche scientifiche. Esso si trova a circa 60 metri al di sotto del terreno circostante e si estende su di una superficie di quasi un chilometro quadrato. La formazione del Pozzo di Messel risale a circa 50 milioni di anni fa, nell'Eocene, quando questa regione si trovava 10 gradi più a sud di dove si trova oggi, con una conseguente grande differenza sia dal punto di vista climatico che ecologico rispetto al presente. Qui c'era un gran numero di laghi, contornati da una vastissima foresta sub-tropicale in cui si sviluppò una notevole biodiversità animale e vegetale.

Il principale tipo di roccia che si trova nel sito è composto dagli scisti bituminosi, formatisi per il lento deposito di fango e materiale organico morto sul fondo del lago. Questi sedimenti hanno uno spessore di circa 130 metri e poggiano su di una base di arenaria, di età più antica.

Probabilmente intorno al Pozzo di Messel vi era nell'Eocene una regione attiva dal punto di vista sia tettonico che geologico, che ha portato alla formulazione dell'ipotesi che eventi come quello accaduto il 21 agosto del 1986 presso il lago Nyos, in Camerun, siano stati la causa del notevole accumulo di fossili di specie non acquatiche. Periodici spostamenti sotterranei potrebbero aver causato il rilascio di notevoli quantitativi di gas velenosi (come l'anidride carbonica o composti dello zolfo) nel lago e nel circostante ecosistema; questa sarebbe poi stata la causa della morte di uccelli e pipistrelli che si trovavano vicino alla superficie dell'acqua, oltre che di animali terrestri che si trovavano nei pressi della costa del lago.

Nel Pozzo di Messel è stato ritrovato il più ampio campionario di flora e fauna risalente all'Eocene che si sia mai scoperto. Mentre in altri luoghi sono stati ritrovati al massimo scheletri parziali, qui per molte specie è stato ritrovato addirittura l' impronta della pelliccia, le penne o la pelle per quegli animali che vanno soggetti a periodiche mutazioni. Di seguito vi è un breve elenco dei principali fossili trovati nel sito: oltre 10.000 pesci di numerose specie diverse; migliaia di insetti sia acquatici che terrestri, alcuni dei quali con ancora i colori che li contraddistinguevano; numerosissimi mammiferi di molte specie diverse; numerosi uccelli, specialmente di specie predatorie; coccodrilli, rane, salamandre, tartarughe e numerose altre specie di rettili e anfibi; oltre 30 diverse specie di piante. 

Tra i fossili più straordinari di mammiferi vanno annoverati i resti degli antenati del cavallo, con ben 30 scheletri completi. In taluni casi la presenza di tracce delle parti molli e persino del contenuto dello stomaco fornisce informazioni più dettagliate sull'alimentazione di questi vertebrati e sul loro stile di vita. Grube Messel apre un'importante finestra sulla vita così ricca di specie dell'Eocene. I reperti permettono di meglio comprendere l'evoluzione degli organismi viventi circa 13 milioni di anni dopo l'estinzione dei dinosauri. I precursori delle piante e degli animali contemporanei esercitano il loro fascino su tutti coloro che intraprendono la ricerca di testimonianze di numerose specie che appartengono a un passato assai remoto.

Visitatori di ogni età e provenienti da tutto il mondo restano incantati dall'atmosfera unica e indescrivibile di questo luogo. Le visite guidate da scienziati che hanno una formazione specifica anche in pedagogia consentono ai partecipanti di acquisire interessanti cognizioni su un mondo da tempo scomparso. A Grube Messel diventa facile immaginarsi la vita intorno al "maar", il lago formato da un cratere, nel mezzo di una foresta pluviale 52 milioni di anni fa; l'elevata qualità degli affascinanti reperti ritrovati, con anche di scheletri intatti, consente infatti di farsi un'idea precisa dell'anatomia e dello stile di vita degli organismi fino ad ora documentati.