Oltre al loro interesse artistico, queste missioni sono rappresentative delle iniziative sociali ed economiche che hanno accompagnato la cristianizzazione del Río de la Plata da parte dei gesuiti nei secoli XVII e XVIII. La Compagnia di Gesù arrivò con il permesso di Filippo II nella regione nota come Guayra nel 1588, con l'obiettivo di proteggere gli indios contro gli abusi del sistema coloniale, che li aveva ridotti ad una condizione di schiavitù virtuale, e di educarli a un sistema di vita cristiana. 

Dopo la concessione della zona di frontiera del Paraguay ai gesuiti nel 1609 dalla corona spagnola, i gesuiti crearono delle reducciones (insediamenti), ciascuno con la propria missione, 30 in tutto, di cui 8 nell'odierno Paraguay, 15 in Argentina e 7 in Brasile. Tre di queste missioni soni oggi siti archeologici, costituiti da edifici in rovina e diverse stratificazioni di occupazione.

La Santísima Trinidad de Paraná, spesso chiamata dagli abitanti locali "rovine di Trinidad", fu una delle ultime missioni ad essere erette lungo il fiume Paraná a cavallo tra il Paraguay meridionale e l'Argentina settentrionale. È anche la più accessibile nonché la più visitata. 

Situata vicino alla moderna città di Encarnación, Trinidad venne costruita nel 1706 ad opera del noto architetto gesuita Juan Bautista Primoli, in pietra con bella cupola ed elaborate decorazioni. La missione ha ben conservato l'originale struttura urbana: una Plaza Mayor, la chiesa principale (cripta), la chiesa piccola, università e chiostro, cimiteri, orti, campanile, le case per i nativi e i laboratori. 

Il declino dell'influenza gesuita portò all'abbandono di Trinidad e delle altre missioni, che vennero lasciate in stato di abbandono. A causa delle modernità delle strutture, la missione non ha sofferto troppo dell'erosione degli agenti atmosferici, e la società moderna ha provveduto a mantenere in ottimo stato di conservazione il complesso. Questa missione fa parte dei due patrimoni dell'umanità del Paraguay.

Jesús de Tavarangue venne fondata nel 1685. Le rovine della chiesa, di cui oggi resta solo una stanza del collegio, conservano molto dell'antico aspetto imponente. 

Lo stile architettonico di questa missione era completamente differente da quello delle altre. In stile moresco, l'unico usato nella missione, sono le tre porte di accesso alla chiesa. Il tetto di quest'ultima non sarebbe stato di legno o roccia, come succedeva nelle altre missioni, bensì in uno stile misto come quello delle mura e dei pilastri centrali. Il tetto non fu mai costruito a causa dell'espulsione dei gesuiti, e quindi la chiesa rimase indifesa contro i saccheggi, nonostante non contenesse oro o opere di valore sull'altare.

La chiesa di Santos Cosme y Damián, fondata nel 1632 sul territorio brasiliano, si trasferì nella sede attuale nel 1740, e non fu mai terminata; il sito è importante perché, oltre al suo significato storico, ha mantenuto il suo ruolo come centro di culto per il villaggio e il quartiere; inoltre, essendo ancora in uso, ha alcune caratteristiche più recenti, ma gli interventi di restauro hanno rispettato la struttura e gli antichi materiali.