I confini del Parco Nazionale del Banco di Arguin, istituito nel 1976 su una superficie di circa 1.200.000 ettari , formano un rettangolo che misura all'incirca 200 chilometri in direzione nord-sud e 80 in direzione est-ovest. Il Parco racchiude tre ecosistemi ben differenziati: il settore terrestre, la costa punteggiata da alcune isole, fra le quali Tidra, e il settore marino con acque litoranee poco profonde che raramente superano i cinque metri.  

Ci fu un tempo, tra 7000 e 4000 anni fa, in cui il clima del Sahara era assai più mite, tanto da favorire l'insediamento umano e la prosperità di grandi comunità faunistiche. In quell'epoca il paesaggio di Banc d'Arguin doveva essere simile all'attuale estuario del fiume Senegal, con i wadi Téguédé, Chibka e Chrack che portavano le loro acque fino alla baia di St. Jean. Ma la desertificazione era alle porte. I grandi mammiferi si spostarono verso sud e i villaggi di pescatori e allevatori del Neolitico furono abbandonati. Di quei tempi è rimasta traccia solo nei 3000 ettari di mangrovie relitte (Avicennia africana), che emergono da banchi costieri di fango e da marcite interne. 

Il settore terrestre è costituito da un arido deserto sabbioso, con precipitazioni medie annue di 34- 40 millimetri . I venti sono insistenti e talvolta raggiungono la velocità di 28 chilometri orari. Dal punto di vista botanico, il parco occupa l'area in cui si incontrano la vegetazione paleoartica e quella afro-tropicale. 

Lungo le sabbie della costa si trovano alofite come Salsola baryosma, Salicornia senegalensis e Suaeda fructicosa, mentre le dune sono dominate da Stipagrostis pungens, Comulaca monacantha ed Euphorbia balsamifera. All'interno, invece, il clima arido-desertico ha favorito piante come l'acacia, la Balanites aegyptiaca, la Maerva crassifolia e la Capparis decidua, una pianta della famiglia del cappero. 

Per quel che riguarda la fauna, l'area desertica vanta un'ospite d'eccezione, la gazzella dorcade, alta solo 60 centimetri e dai colori non molto contrastanti: tinta sabbia sul collo e sul dorso, parti rossicce sui fianchi, glutei bianchi e coda nera; le corna sono di medie dimensioni e presentano evidenti anelli. La specie, un tempo molto diffusa in vasti settori del Sahara occidentale, è giunta sull'orlo dell'estinzione nella seconda metà del Novecento. 

Ad Arguin, e soprattutto sull'isola di Tidra, si trovano le popolazioni più numerose del pianeta. Nell'ambito dei carnivori, il Parco registra la presenza del fennec, piccolo canide dalle enormi orecchie, del gatto selvatico africano e del gatto delle sabbie, così come della iena striata.

Le acque litoranee dell'Atlantico, poco profonde e ricche di elementi nutritivi, la costa popolata di uccelli in ogni stagione dell'anno e la zona desertica dell'entroterra, desolata ma non priva di vita, fanno di questo angolo dell'Africa nord-occidentale una delle regioni biologicamente più ricche di tutto il pianeta. Situato lungo una delle rotte migratone più frequentate, il Parco rappresenta il luogo ideale per la sosta e per lo svernamento di molte specie di uccelli che durante la stagione calda sono presenti attorno al bacino del Mediterraneo e nell'Europa centro-settentrionale.

L'area delle dune vicina alla costa accoglie una vegetazione particolare che richiede una quantità d'acqua superiore rispetto alle necessità delle piante del deserto. Salicornie del Senegal, Salsola baryosma e Suaeda fruticosa tentano di colonizzare la zona, in uno sforzo coraggioso spesso vanificato dall'accanirsi di frequenti cicloni.

La produttività degli oceani, analogamente a quella dei deserti, è molto bassa poiché il nutrimento organico e minerale necessario alla crescita del microplancton si deposita sul fondo del mare. In alcune zone, però, le correnti marine sono in grado di spingerlo verso l'alto, producendo il fenomeno dell'upwelling ("risalita") che si traduce in un vertiginoso aumento della produttività biologica delle acque. È proprio quanto avviene lungo le coste del Banco di Arguin, dove la ricchezza di plancton e pesci risulta davvero eccezionale.  

Anche la zona intertidale, cioè quella soggetta alla variazione delle maree, beneficia del fenomeno dell'upwelling e consente la presenza di una rada vegetazione di piante fanerogame acquatiche, come Zostera noltii, Cymodea nodosa e Halodule wrightii, oltre che di praterie emergenti o sommerse di una graminacea anfibia, Avicennia africana. 

La ricchezza biologica delle acque e delle coste è la ragione primaria della presenza ad Arguin di vaste popolazioni di uccelli, che giustificano la definizione data a questo settore dell'Atlantico di "oasi costiera". Ne sono state censite 249 specie, delle quali 108 nidificanti abituali e le altre migratrici. Gli effettivi delle specie migratrici nord e centro-europee che svernano nel Banco di Arguin raggiungono i due milioni di individui, vale a dire il 30% del flusso migratorio costiero di tutto l'Atlantico occidentale. 

Fra le specie nidificanti si segnalano il mignattino e il fenicottero rosa, presenti in centinaia di migliaia di esemplari. Ma qui soggiornano, durante il periodo della riproduzione, anche 45.000 coppie tra pellicani bianchi, spatole, aironi, sterne zampenere, sterne maggiori, piropiro e cormorani codalunga. Notevole è anche la presenza di mammiferi, tra i quali si annoverano gazzelle di Dorcas, sciacalli, iene maculate e diversi felini, oltre a mammiferi marini come la susa atlantica, il delfino comune, lo steno, il tursiope, la balenottera comune e una popolazione di 150 foche monache. La presenza di tartarughe marine è abituale nelle acque di Arguin. Quattro specie in particolare, tutte minacciate d'estinzione, cercano le sabbie e le dune litoranee per la deposizione delle uova: tartaruga liuto, caretta, testuggine franca e tartaruga embricata.

Il territorio del Parco comprende anche una riserva di duecento ettari, situata sull'estremità del Capo Bianco, che non fa parte delle località dichiarate Patrimonio dell'Umanità, ma che riveste un'importanza biologica eccezionale: ospita infatti una colonia di riproduzione di foche monache che conta più di cento esemplari e che è la più numerosa del pianeta. Questa specie vive nelle acque calde e il suo arenale di distribuzione comprende il Mar Mediterraneo e la costa atlantica africana fino al Senegal.  

Il segreto di questo ambiente è la straordinaria ricchezza di fauna acquatica, dovuta al fatto che le acque basse di Banc d'Arguin costituiscono un'importante zona di riproduzione per numerose specie di pesci e crostacei. I quali, oltre che per gli animali, sono la fonte alimentare principale per i circa 500 abitanti di etnia Imraguen che popolano sette villaggi all'interno del parco e una delle risorse più importanti per l'economia mauritana, di cui la pesca è uno dei pilastri.