Ci fu un tempo in cui la foresta pluviale atlantica brasiliana si estendeva dal Rio Grande do Norte fino all'area costiera del Rio Grande do Sul, formando una sottile striscia di fitta vegetazione tra l'Oceano Atlantico e l'altopiano arido del Planalto. Nel 1984 il World Wildlife Fund lanciò un drammatico appello, nel quale la Mata Atlantica veniva indicata come il secondo habitat più minacciato del mondo dopo la foresta del Madagascar. Non restava che il nove per cento della superficie originaria di quello straordinario patrimonio forestale.

A seguito di quell'appello, nel 1991 fu istituita la Mata Atlantica Biosphere Reserve. E nel 1999 l'UNESCO incluse nella lista del Patrimonio Mondiale le Discovery Coast Atlantic Forest Reserves, un complesso di otto aree protette tra gli Stati di Bahia ed Espfrito Santo per un totale di 112.000 ettari, e la Atlantic Forest Southeast Reserve. Quest'ultima, situata a cavallo degli Stati di Paranà e Sào Paulo, è costituita da 25 aree protette estese su 468.193 ettari.

Dal punto di vista geologico, la Atlantic Forest Southeast Reserve è una delle più antiche regioni del mondo, generatasi da faglie del Terziario con intrusioni di origine vulcanica. La catena montuosa della Serra do Mar, che separa le pianure costiere dal Planalto, è costituita da graniti del Cambriano e da gneiss magmatici in cui massicci calcarei hanno dato origine a fenomeni carsici nelle zone di Apiapi, Iporanga ed Eldorado Paulista.

A causa del suo isolamento da altri tipi di foresta, la Mata Atlantica è caratterizzata da una delle più elevate percentuali di endemismi al mondo. Oltre il 50 per cento delle 10.000 specie arboree e il 92 per cento degli anfibi che vi trovano riparo sono unici della regione. In alcuni punti la copertura vegetativa è così fitta che si sono contate fino a 450 specie per ettaro. La composizione della vegetazione varia con l'altitudine - che va dal livello (del mire fino a 1400 metri - e con il tipo di suolo che si incontra via via che si procede verso l'interno.

Le foreste a quote più basse sono dominate da grandi alberi appartenenti alle famiglie delle fabacee, lauracee, mirtacee ed euforbiacee, che possono raggiungere i 25-30 metri di altezza. Più in alto, crescono palme della specie in pericolo Euterpe edulis.

Tra i 900 e i 1300 metri si incontra una foresta più bassa di Podocarpus e Clusia, estremamente ricca di epifite, orchidee e bromeliacee.

La fauna comprende 120 specie di mammiferi, tra i quali il giaguaro, l'ocelot, il cane selvatico e la lontra della Piata, oltre a una ventina di pipistrelli e diverse specie di primati in pericolo. È anche l'habitat di tre specie in pericolo di estinzione: il murikì (o scimmia-ragno lanosa), il più grande primate delle Americhe, il tapiro, il più grande mammifero erbivoro terrestre della regione neotropicale, e il giaguaro.

Vi sono state inoltre censite più di 350 specie di uccelli, ed è considerata una delle zone di endemismo più importanti del mondo. Le altre 20 riserve, che si estendono negli Stati di Paranà e Sào Paulo, coprono oltre 290.000 ettari di superficie. Tra esse, la regione di Cananeia, al centro di una laguna-estuario, è il risultato dell'incontro di una catena montuosa e delle piane alluvionali del Rio Iguape con il complesso costiero formato da diverse lagune. Il litorale è protetto da un arcipelago che si estende lungo tutta la costa.

Nonostante gli sforzi per la conservazione, l'area della Mata Atlantica si è ulteriormente ristretta, dopo l'allarme del WWF, arrivando al sette per cento della superficie originaria, con una riduzione stimata in 500.000 ettari tra il 1985 e il 1990.

E anche dopo l'istituzione dell'area protetta sono continuate attività illegali come scavi minerari, asportazione di palme e costruzione di nuovi insediamenti. Tanto che nel 1997 l'Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renovàveis ha stimato che entro 50 anni la foresta atlantica potrebbe essere completamente distrutta.