Istituito nel 1980, il parco è situato lungo il confine con la Colombia, al punto d'incontro tra il Nord e il Sud America, anche in senso botanico e zoologico. Esteso su 597.000 ettari, si spinge dalla costa dell'Oceano Pacifico ai 1875 metri del Cerro Tacarcuna, la vetta più alta della Serrania del Darién. Costituito da rocce vulcaniche coperte da rocce sedimentarie, questo lembo di terra tra i due continenti è ripetutamente emerso e riaffondato nel corso delle ere geologiche fino alla sua definitiva risalita, all'inizio del Pleistocene.  

Le foreste della zona meridionale di Panama, vicino al confine con la Colombia che gli Spagnoli, guidati da Rodriguez de Bastida e da Vasco Nùnez da Balboa, videro per la prima volta nel 1513, sono ancora oggi inesplorate. Lo sforzo compiuto dai Conquistadores per aprirsi un passaggio nella fitta vegetazione e poter così arrivare all'Oceano Pacifico non è molto differente da quello che deve sostenere oggi il naturalista che si addentra nelle vaste aree vergini del Parco Nazionale di Darién. La ragione di ciò si deve al fatto che in quasi cinquecento anni l'intervento umano su Darién è stato minimo.

Le foreste di Darién sono considerate gli ecosistemi più vari dell'intera America tropicale. La foresta più estesa è quella che ricopre l'area tropicale umida, che occupa le terre basse non invase dall'acqua del Parco Nazionale, fino a un'altitudine di 200 metri.

L'altezza media degli alberi che costituiscono questa variopinta massa forestale è di 40 metri, anche se esistono alcuni esemplari che possono raggiungere i 50 metri, mentre la densità oscilla tra i 30 e i 120 alberi per ettaro, con una media di 60 alberi. Tra le specie più caratteristiche troviamo Cavanìllesia platanifolìa, una caducifoglia che facilmente svetta, con i suoi 50 metri d'altezza, sulla volta della foresta. Molto caratteristiche sono anche le foreste inondate d'acqua dolce, soprattutto lungo il fiume Chucunaque e lungo il corso inferiore del fiume Tuira. Queste formazioni vegetali, che si allagano nella stagione delle piogge da maggio a novembre, sono formate quasi esclusivamente da alberi di Prioria copaifera, dal legno molto pregiato e quindi molto sfruttato per il commercio.  

Lungo la costa pacifica, ma specialmente nella regione del Golfo di San Miguel, così chiamato da Nùnez da Balboa quando, nel 1513, arrivò all'Oceano Pacifico, vi sono vaste estensioni di mangrovie. Le specie più abbondanti sono tre: la mangrovia rossa, la nera e la bianca. Oltre i 200 metri d'altezza proliferano i boschi premontani e montani, di grande interesse botanico, che ricoprono l'area boschiva del Monte Pirre. Tali masse forestali montane sono caratterizzate da un elevato numero di specie vegetali endemiche. Per questo motivo il Parco rappresenta sempre una scoperta per naturalisti e ricercatori che continuano a imbattersi in nuovi specie botaniche esclusive di quest'area.

Il Parco Nazionale Darién rappresenta il punto d'incontro tra la flora e la fauna dell'America Settentrionale e quelle dell'America Meridionale. Ne è un esempio la coesistenza in quest'area del capibara, il roditore più grande del mondo, tipico del Sudamerica, e del cervo della Virginia, comune nei boschi degli Stati Uniti. Quest'area protetta è anche un rifugio ideale per numerose specie in via d'estinzione. Ad esempio, nel Parco vivono stabilmente alcuni giaguari, gli ocelot, il margay e l'onnipresente puma.

Gli strati più alti della foresta sono il regno delle scimmie, tra cui si distinguono, per l'abbondanza, l'aoto, l'aluatta del Guatemala, la piccola scimmia ragno atele testabruna e Fatele di Geoffroy. All'interno del bosco sono abbondanti i branchi di cervi della Virginia, come pure quelli di pecari comuni e di pecari dal collare. Anche il tapiro di Baird, una specie in pericolo d'estinzione, è presente a Darién con un'importante popolazione.

Molte di queste specie possono essere osservate con relativa facilità percorrendo con una piroga i corsi d'acqua, nei quali, oltre a una ricca fauna ittica, si trovano due rettili molto rari: il caimano dagli occhiali  e il coccodrillo acuto.

Non sono state invece ancora catalogate tutte le specie di uccelli che vivono nel Parco, e nemmeno quelle di vertebrati e invertebrati. Va tuttavia sottolineata la presenza stabile della grande aquila arpia, immortalata nello stemma di Panama, che ha qui la più importante colonia dell'istmo centroamericano.

Anche dal punto di vista archeologico, Darién si trova in una sorta di zona intermedia, punto di incontro tra le culture precolombiane dell'area mesoamericana e quelle della regione andina. Anche se le ricerche archeologiche sono appena agli inizi, le poche e casuali scoperte effettuate fino ad ora ci permettono di affermare che la presenza umana nella regione risale a molti secoli prima di Cristo. Il primo europeo a giungere nella zona di Panama fu Cristoforo Colombo nel 1502, che aprì la strada alle spedizioni dei Conquistadores che estesero il controllo della corona spagnola su tutta l'area. Nel 1510 nel territorio oggi occupato dal Parco Nazionale di Darién fu fondato l'abitato di Santa Maria de la Antigua, che venne in seguito abbandonato a causa delle difficili condizioni ambientali della zona. Inoltre molti Indios lasciarono la regione per sfuggire alla durezza della dominazione spagnola e le antiche civiltà indigene di Panama vennero letteralmente spazzate via. Tra queste culture ormai scomparse va ricordata quella degli indios Cuevas.

Attualmente sopravvivono due culture autoctone differenti: i Kunas e i Chocos. I Kunas, che si sono mostrati maggiormente permeabili alle influenze della società occidentale, vivono in piccole comunità raggruppate in villaggi molto primitivi, con un'economia di sussistenza basata su un'agricoltura rudimentale e sulla caccia e la raccolta, attività che si contraddistinguono per la minore aggressività nei confronti della natura rispetto a quelle praticate dai vicini Chocos. In queste comunità dominano tre personaggi fondamentali: il nele, o capo spirituale, che è in grado di mettersi in contatto con l'aldilà; l’innatuledi, o guaritore erborista, che conosce perfettamente le proprietà medicinali della flora della regione, e l’absoguedi, o stregone, che ha il compito di sconfiggere le epidemie e prevenire le calamità.

Anche i Chocos, i cui villaggi su palafitte sono sempre costruiti lungo le rive dei fiumi e per i quali la pesca rappresenta l'attività primaria, praticano un'agricoltura rudimentale di sussistenza e la raccolta di frutti selvatici, ma, diversamente dai Cuevas, cacciano in maniera indiscriminata, provocando molti danni alla fauna della regione. È particolarmente degno di nota il loro artigianato, attività quasi esclusiva dei maschi, che si adornano con gioielli in modo più vistoso delle donne.