Tubbataha Reef è il nome di un gruppo di atolli corallini che si trovano nel Mare di Sulu, circa 100 miglia nautiche a sudest di Puerto Princesa, nell'isola di Palawan, nelle Filippine. Essi sono un santuario protetto dal 1988 come parco marino; dal 1993 sono stati inseriti nell'elenco dei Patrimoni dell'umanità dell'UNESCO. Il santuario si estende su di una superficie di 968,24 chilometri quadrati.

I primi europei a mettere piede nelle Filippine furono gli spagnoli della spedizione di Ferdinando Magellano, che raggiunse l'arcipelago nel 1521, durante quello che sarebbe passato poi alla storia come il primo viaggio intorno al mondo. 

Proprio nelle Filippine il grande navigatore trovò la morte. Infatti Magellano, inseritosi nelle lotte tra i potentati locali dell'arcipelago, volle costringere gli abitanti dell'isola di Mactan e il loro capo Cilapulapu a sottomettersi al re dell'isola di Cebu, alleato degli spagnoli. Ma quando sbarcò sull'isola di Mactan il 7 aprile del 1521, il navigatore portoghese si trovò di fronte 1500 uomini armati di frecce avvelenate e poco disposti ad arrendersi, senza combattere, alla volontà degli spagnoli.

Durante lo scontro che ne seguì, Magellano e alcuni suoi compagni vennero uccisi e le navi spagnole furono costrette a riprendere il largo per evitare guai maggiori. Morto il comandante della spedizione, fu poi Juan Sebastiàn Elcano a prendere il comando delle navi e a concludere la prima circumnavigazione della Terra. Ma le isole erano state localizzate e presto divennero possedimento degli spagnoli, che le avrebbero battezzate Filippine, in onore del re Filippo II.

Non si può affermare che gli avvenimenti politici della storia recente delle Filippine abbiano influito in modo così drammatico sull'habitat naturale dell'arcipelago come è successo nei paesi della penisola indocinese, tuttavia la presenza umana ha in parte compromesso gli equilibri biologici di buona parte dell'area.

Bisogna tenere in considerazione che, anche se le Filippine contano circa 18.500 chilometri di costa e circa 166 milioni di ettari di superficie destinata alla pesca, la crescente domanda di qualunque tipo di prodotto marino ha dato luogo a uno sfruttamento eccessivo e, spesso, illegale.

Nel caso specifico delle scogliere coralline tale sfruttamento dissennato ha provocato un grave deterioramento in circa tre quarti dei 27.000 chilometri quadrati di superficie che costituivano, in origine, il patrimonio corallino dell'arcipelago filippino.

Nel febbraio 2002 la guardia costiera di Puerto Princesa ha arrestato, a bordo di quattro imbarcazioni all'interno dei confini del Tubbataha Reef National Parie, 52 cinesi e nove filippini, sequestrando oltre 200 molluschi giganti, 54 tartarughe e una grossa quantità di dinamite e cianuro. Era solo l'ultimo di uno stillicidio di episodi di bracconaggio che negli ultimi vent'anni hanno messo a dura prova l'habitat del parco. Ciò nonostante, tra il 2000 e il 2002 si è registrata una ricrescita della barriera corallina pari al 40%, grazie anche alla frenetica operosità del WWF filippino e di altre organizzazioni che hanno affiancato le autorità nel pattugliamento dell'area protetta. 

A guardarlo dal pelo dell'acqua, il Tubbataha non dice granché: nei 33.200 ettari del parco emergono solo due isolotti e non c'è traccia di presenza umana. Sott'acqua invece si trasforma in un mondo di rara bellezza, uno degli ambienti più ricchi al mondo quanto a biodiversità marina. 

Separati da un canale di otto chilometri nel mare di Sulu, il North e il South Reef sono gli unici due atolli dell'arcipelago delle Filippine. Il primo, di forma oblunga, è una piattaforma corallina lunga 16 chilometri e ampia 4,5, che racchiude una laguna sabbiosa profonda fino a 24 metri. Il principale lembo di terra emersa è la North Islet , una superficie di 0,3 ettari di sabbia madreporica, in cui trovano spazio per nidificare gli uccelli marini e le tartarughe. Il South Reef invece, di forma triangolare, è ampio appena uno o due chilometri e racchiude una laguna così poco profonda da affiorare in ampi tratti durante la bassa marea. 

La vegetazione terrestre si limita a poche specie, ma il reef è popolato da 45 specie di macroalghe bentiche e da estesi letti di erbe acquatiche che occupano le parti meno profonde della laguna. Sulle isole sono state censite 46 specie di uccelli, comprese due specie di sula, la sterna scura, la sterna di Berg e il noddy comune, nonché due specie di tartarughe: franca ed embricata. 

La barriera, poi, vanta 300 specie di coralli appartenenti a 46 generi: nelle acque più profonde dominano piattaforme dei generi Pachyseris, Leptoseris e Montipora, tra i 12 e i 20 metri si osservano Diploastrea, Platygyra e poriti, mentre il margine della scogliera consiste di Acropora. 

Non è da meno la fauna marina, con 379 specie appartenenti ad almeno 40 famiglie. Per gli appassionati di immersioni - ai quali, ovviamente, la pesca non è permessa - non è difficile incontrare squali pinna nera e pinna bianca, aquile di mare e razze della specie Mobuh diabolus. Numerosi sono anche i molluschi, con diverse specie di tridacne giganti. 

Oltre ad essere un santuario marino, Tubbataha è nota per essere un santuario degli uccelli: una piccola isoletta nell'estremità meridionale dell'Atollo Sud, isoletta su cui è stato in passato costruito un faro, ospita numerose specie di uccelli marini che qui nidificano. Fra questi vi sono sule, sternidi e fregate, in sosta durante le loro migrazioni annuali. Per minimizzare ogni tipo di intrusione esterna, la Guardia Costiera filippina mantiene in zona una piccola stazione di monitoraggio permanente.

Secondo gli esperti, attualmente soddisfatti dello stato di salute del parco, la foresta di coralli di Tubbataha ospita una varietà di microrganismi acquatici tale da svolgere un ruolo fondamentale nell'alimentazione della fauna marina dell’area oceanica della provincia di Palawan.