Letteralmente Ha Long significa "il luogo in cui il Drago scese nel mare". E, secondo gli archeologi, le caverne di questa splendida baia recano le prove dei primi insediamenti umani nell'attuale Vietnam, risalenti a 25.000 anni fa.

Per la leggenda, invece, tramandata oralmente fino al XIX secolo, Ha Long nacque durante una battaglia navale tra il popolo viet e i nemici, giunti da nord a bordo dei loro vascelli. I Viet stavano per avere la peggio quando l'Imperatore di Giada inviò in loro soccorso la Madre di tutti i Draghi e un suo giovane figlio, dalle cui bocche uscirono innumerevoli perle che, al contatto con l'acqua, si trasformarono in altissime isole, contro le quali si infransero le navi nemiche. Poi, scomparsa la minaccia, la bellezza dello scenario spinse i dragoni a fermarsi a Ha Long per viverci. Questa storia è così radicata nella tradizione popolare che ancor oggi i pescatori narrano di una gigantesca creatura marina che di tanto in tanto apparirebbe in superficie. 

Su una superficie di 1500 chilometri quadrati si stagliano i pinnacoli di 1969 isole, alte in media tra i 50 e i 200 metri, 989 delle quali hanno ricevuto un nome grazie alla pittoresca morfologia locale, che richiama di volta in volta galli in combattimento, coppie di cigni, teste umane e così via. Molte di esse celano grotte e cavità sotterranee che costituiscono l'habitat di specie estremamente rare. 

Leggende a parte, la storia geologica di Ha Long cominciò intorno a 500 milioni di anni or sono con processi di orogenesi e movimenti tettonici. Poi, tra il Carbonifero e il Permiano (350-240 milioni di anni fa), la zona fu occupata da un mare, sul cui fondale si estendeva un letto di arenaria spesso un migliaio di metri. Nell'arco di 20 milioni di anni, tra il Miocene e il Pleistocene, forti processi erosivi in quella che si era trasformata in una vasta pianura costiera diedero origine alle formazioni rocciose di scisto e arenaria che oggi affiorano nella baia, creatasi, finalmente, al termine dell'ultima glaciazione, intorno a 10.000 anni fa, con il ritorno del mare. 

La biodiversità di Ha Long può essere suddivisa in tre ecosistemi principali: la foresta tropicale, l'habitat costiero e quello marino. Il primo è caratterizzato da una straordinaria varietà di specie botaniche, sette delle quali sono segnalate dall'International Union for tbe Conservation of Nature come uniche di questo ambiente. 

La foresta è ricca di 477 specie di magnolifite e ospita quattro specie di anfibi, otto di rettili, 40 di uccelli e 14 di piccoli mammiferi. L'habitat costiero è caratterizzato da 20 varietà di mangrovie, tra le cui fronde trovano rifugio 200 specie di uccelli. Anche l'ecosistema marino è particolarmente ricco: vi prosperano infatti 170 specie di coralli, per lo più appartenenti al genere Scleractinia, e 91 di alghe. 

Si contano poi 81 specie di gasteropodi, 130 di bivalvi, nove di crostacei e 313 di pesci, che si alimentano principalmente grazie a un'eccezionale varietà di fitoplancton e zooplancton. Accanto agli ecosistemi naturali, Ha Long ne ha di recente sviluppato uno artificiale, legato alla piscicoltura, che ha provocato la distruzione di vaste aree di mangrovie e minaccia di alterare l'equilibrio biologico della baia. Inoltre, il vorticoso sviluppo economico del Vietnam ne sta sfruttando intensivamente il potenziale turistico, tanto da giungere a varare un progetto da 100 milioni di dollari per la costruzione di un enorme complesso alberghiero sull'isola di Tuan Chau.