E' nel 1498 che Vasco de Gama arriva a Mombasa. I portoghesi non sono i benvenuti e decidono quindi di andare più a nord, verso Malindi. Ma non è detta l'ultima parola: si impadroniscono di Mombasa con la forza nel 1593. Ritengono allora necessario costruire un forte per difendere l'ingresso del porto. Poiché navigavano sotto la bandiera dell'ordine di Cristo, il nome di Fort Jesus fu d'obbligo.

E’ uno dei monumenti principali del patrimonio culturale costiero del Kenya, ma soprattutto testimonia oltre 400 anni di storia swahili. Non stupisce quindi che l’Unesco abbia attribuito all’antica roccaforte portoghese, il riconoscimento di Patrimonio Mondiale dell’Umanità. Un riconoscimento importante anche sotto il profilo strettamente economico perché ora Fort Jesus potrà ora ricevere aiuti più consistenti per la sua conservazione a beneficio non solo del popolo keniota, ma anche per le generazioni future.

Costruita dai portoghesi tra il 1593 e il 1596 su progetto dell'architetto italiano Giovanni Battista Cairati allo scopo di proteggere il porto di Mombasa, la rocca ha visto nei secoli l’avvicendarsi delle dominazioni straniere. Fu via via in mano ai portoghesi, agli arabi di Oman e poi fu bombardato dai britannici. Infine, nel 1895 diventò una prigione governativa.

Di forma angolare, il forte fu realizzato da un architetto italiano di Goa. Oggi, all'interno delle mura si può vedere tutta una fila di cannoni, allineati davanti all'edifico principale. Quest'ultimo racchiude un piccolo museo che raggruppa oggetti ritrovati su una nave arenata, appartenente al popolo arabo e musulmano. Vi si scoprono anche alcune bacheche sulla vita dei kenioti, il loro villaggio e le loro usanze. 

Più volte alla settimana è organizzato uno spettacolo di suoni e luci. Il forte ospita infatti anche un museo che illustra le tradizioni Swahili e le testimonianze della presenza di cinesi, indonesiani, malesi e indiani in città. Una botola da accesso ad una sala sotterranea dove gli schiavi venivano fatti ingrassare prima di essere trasferiti verso le coste arabe o nelle piantagioni di chiodi di garofano a Zanzibar. 

L'area del forte con gli annessi copre un'area di 2,36 ettari.