Situato sulla riva orientale del fiume Giordano, a nove chilometri a nord del Mar Morto, il sito archeologico è costituito da due aree distinte: Tell al-Kharrar, noto anche come Jabal Mar-Elias (Colle di Elia) e l'area delle chiese di San Giovanni Battista nei pressi del fiume. 

Situato in un ambiente naturale incontaminato, si ipotizza si tratti del luogo in cui Gesù di Nazareth fu battezzato da Giovanni Battista. Nell’area si trovano resti romani e bizantini, tra cui chiese e cappelle, un monastero, grotte utilizzate in passato da eremiti e piscine nelle quali si celebravano i battesimi, che testimoniano il carattere religioso del luogo. Il sito è un luogo di pellegrinaggio cristiano.

La scoperta di "Betania oltre il Giordano" è stata per secoli un grande giallo storico, perché, nonostante da quasi due millenni l’area di fronte a Gerico fosse identificata come quella del battesimo, nessuno in realtà sapeva con esattezza dove fosse avvenuto.

A partire dal 1996 una serie di scoperte archeologiche di grande importanza hanno permesso di assimilare quest’area al luogo biblico dove viveva Giovanni al tempo in cui si svolse il celebre evento.

Si tratta di uno dei cinque luoghi del pellegrinaggio cristiano in Giordania, terra nella quale anche Abramo, Giacobbe, Mosé e le prime comunità cristiane vissero i momenti centrali della loro missione trovando rifugio e sicurezza.

Le scoperte chiave sono il monastero bizantino ed i resti della prima era romana a Tell ak-Kharrar; diverse chiese bizantine più piccole, cappelle, eremitaggi per i monaci, grotte, e celle degli eremiti; un ampio complesso multi-chiesa bizantino; una conduttura di ceramica che porta acqua al sito da diversi chilometri ad est; un'ampia pozza rivestita di gesso ed una khan adiacente tra Tell al-Kharrar ed il Giordano; un´altra stazione di sosta per i pellegrini ed un khan diversi chilometri ad est, sull´antica rotta per i pellegrini verso Monte Nebo.

L'enigma sul preciso sito del battesimo di Gesù è complicato da una serie di fattori: i differenti antichi nomi usati per indicare l'area, la narrativa imprecisa nel testo biblico, ed i differenti siti moderni dove i pellegrini celebrano il suo battesimo.

Il tumulo principale a Tell al-Kharrar è a lungo stato chiamato la Collina di Elia, Tell Mar Elias in arabo. Ciò riflette la sua identificazione con il luogo da cui il profeta Elia ascese ai cieli. Oggi l'area è chiamata Al-Maghtas, "il luogo del battesimo" o "dell'immersione".

Il complesso principale a Tell El-Kharrar comprende strutture su esso ed attorno alla piccola collina adiacente la sorgente alla testa del Wadi al-Kharrar. Evidenze di manufatti mostrano che il sito fu abitato dal tardo periodo ellenistico/erodiano al Primo periodo Romano (II secolo a.C. e II secolo d.C.), attraverso il periodo Tardo Bizantino ed il primo islamico (dal V all'VIII secolo d.C.), ed ancora nei tardi secoli ottomani.

Le più solide evidenze per un insediamento dell'era cristiana al sito provengono dai resti scavati di una giara di pietra massiccia, una struttura distintiva delle comunità ebraiche. Padre Michele Piccirillo dell'Istituto Francescano di Archeologia di Gerusalemme e Monte Nebo, uno di coloro che hanno riscoperto il sito nell'agosto del 1995, ha identificato questi frammenti. Ritiene che, insieme ai resti di un'ampia giara di conservazione di ceramica, siano chiare prove di una popolazione stanziale, che egli identifica come Betania oltre il Giordano.

Una delle tre chiese, scoperte nel 1999 sul lato occidentale della collina, fu costruita attorno ad una grotta usata ai giorni di Giovanni il Battista. Questa potrebbe essere la grotta che i pellegrini bizantini chiamavano "la grotta di Giovanni il Battista". Un canale artificiale d'acqua iniziava davanti alla sua grotta, e viaggiava per circa 6 metri fino a che riversava la sua acqua sulla riva sud del Wadi al-Kharrar.

Oltre 30 siti dell'era Bizantina identificati dall'est del fiume Giordano a Wadi al-Kharrar e Wadi al-Gharabah. Formavano stazioni lungo la rotta dei pellegrini da Gerusalemme al Fiume Giordano e Monte Nebo. Forse la scoperta chiave correlata alla commemorazione della tradizione del battesimo sulla riva est del fiume è il più ampio complesso multi-chiesa bizantino, circa 100 metri ad est del Giordano. Comprende i resti di quattro distretti di chiese dal V al VI secolo. Tre sono sovrapposte l´una all´altra, comprendendo le due chiese originali e due ricostruite. La quarta è una struttura più piccola costruita a circa 30 metri ad est.

Le chiese originali qui erano quasi certamente la Chiesa di san Giovanni il Battista, descritto dai testi bizantini come costruita dall´Imperatore Atanasio. Racconti dell´era bizantina hanno dichiarato che la chiesa fu costruita su portici e arcate su piloni di pietra, esposti dai recenti scavi.