La basilica del Santo Sepolcro è una chiesa cristiana di Gerusalemme, costruita sul luogo che la tradizione indica come quello della crocifissione, unzione, sepoltura e resurrezione di Gesù.

Attualmente è ricompresa all'interno delle mura della città vecchia di Gerusalemme, al termine della Via Dolorosa, e ingloba sia quella che è ritenuta la «collina del Golgota», luogo della crocifissione, sia il sepolcro scavato nella roccia, dove il Nuovo Testamento riferisce che Gesù fu sepolto.

La chiesa del Santo Sepolcro è una delle mete principali e irrinunciabili dei pellegrini che visitano la Terra Santa, insieme alla Basilica dell'Annunciazione di Nazaret e alla Basilica della Natività di Betlemme. Ma, a differenza di queste ultime, il Santo Sepolcro è l'unico luogo della cui esistenza si possiedono prove archeologiche risalenti ad appena un centinaio d'anni dopo la morte di Gesù.

Oggi è la sede del Patriarcato ortodosso di Gerusalemme, il quale, al centro della chiesa, vi ha il proprio Katholikon, ossia la propria cattedrale, e la propria cattedra. Formalmente è anche la sede del Patriarcato di Gerusalemme dei Latini; tuttavia il Patriarca cattolico latino non ha la libertà di celebrare se non negli spazi e nei tempi assegnati nel 1852 dallo Statu Quo alla Custodia di Terra Santa e secondo gli accordi con la stessa comunità monastica. Il Patriarca latino quindi risiede effettivamente in una sede presso la concattedrale del Santissimo Nome di Gesù, chiesa principale della diocesi e chiesa madre, dove egli ha la propria cattedra e celebra normalmente.

Secondo la tradizione ortodossa, ogni anno, a mezzogiorno, durante la celebrazione del Sabato Santo della Pasqua ortodossa, vi si ripete il «miracolo del Fuoco Santo».

Il luogo del Santo sepolcro, originariamente la tomba vuota di Gesù, fu sempre oggetto di venerazione da parte dei cristiani. La prova archeologica della sua esistenza risale al II secolo, ed è inconfutabile poiché viene da fonte non cristiana. Nel 135 l'esercito romano represse la lunga rivolta di Bar Kokhba (132–135). Per punire gli ebrei, l'imperatore Adriano ordinò la distruzione di Gerusalemme, facendo radere al suolo anche i luoghi più sacri per gli ebrei. Gerusalemme fu ricostruita come Aelia Capitolina, mentre sui luoghi sacri vennero eretti templi pagani. Uno solo di questi fu costruito fuori dalle mura della città, in mezzo a un cimitero. Dal momento che mai un ebreo si sarebbe recato a pregare in una zona funeraria, il luogo non poteva che essere, dunque, il punto principale di ritrovo per i cristiani, cioè il luogo dove essi si ritrovavano per fare memoria di Gesù. I romani ricoprirono il sito di terra; sopra vi fu edificato un Tempio dedicato a  Venere.

Al Concilio di Nicea del 325, il vescovo di Gerusalemme, Macario, invitò l'imperatore Costantino, da poco convertitosi al cristianesimo, a distruggere i templi pagani nella Città Santa. Costantino ordinò che il luogo sacro venisse riportato alla luce (325-326) e ordinò a Macario di costruire una chiesa su quel luogo. Venne costruita così la Basilica costantiniana.
Socrate Scolastico (nato nel 380), nella sua Storia Ecclesiastica dà una descrizione completa della scoperta (che venne ripresa in seguito da Sozomeno e da Teodoreto) che enfatizza il ruolo esercitato negli scavi e nella costruzione del nuovo tempio dalla madre di Costantino I, Elena, alla quale è attribuita anche la riscoperta della Vera croce.

La chiesa di Costantino fu costruita attorno alla collina della crocifissione, ed era in realtà composta da tre chiese collegate, costruite sopra tre differenti luoghi santi:

- una grande basilica (il martyrium; la più antica testimonianza su di esso si deve alla pellegrina cristiana Egeria, che visitò l'area negli anni 380),

- un atrio chiuso colonnato (il triportico) costruito attorno alla tradizionale roccia del Calvario,

- una chiesa rotonda, chiamata anastasis ("resurrezione"), che conteneva i resti della grotta che Elena e Macario avevano identificato come luogo di sepoltura di Gesù.

L'anastasis e il martyrium vennero inaugurati il 14 settembre del 335, in occasione della festa dell'Esaltazione della Croce. La roccia circostante venne scavata e la tomba venne inglobata in una struttura chiamata edicola al centro della rotonda. La cupola della rotonda venne completata alla fine del IV secolo, sostituendo un deambulatorio che anticamente circondava il Sepolcro.

Il nuovo edificio venne danneggiato dal fuoco nel 614 quando i persiani di Cosroe II invasero Gerusalemme e si impossessarono della Vera Croce.

Nel 630, l'imperatore bizantino Eraclio marciò trionfalmente in Gerusalemme e riportò la Vera Croce nella ricostruita chiesa del Santo Sepolcro. Sotto i musulmani il luogo rimase una chiesa cristiana. I primi governanti musulmani protessero i luoghi cristiani della città, proibendone la distruzione e l'uso come abitazione. Nel 966, durante una rivolta, le porte e i tetti furono bruciati. 

Il 18 ottobre 1009 l'edificio originale venne distrutto completamente dal "pazzo" Imam/Califfo fatimide al-Hakim bi-Amr Allah, che sradicò la chiesa fino alle fondamenta. L'edicola, i muri orientale e occidentale e il tetto della tomba scavata nella roccia in essa racchiusa vennero distrutti o danneggiati (i resoconti dell'epoca sono discordanti), ma i muri nord e sud vennero probabilmente protetti da ulteriori danni dalle macerie.

Nel 1048, a seguito di un accordo tra Il Cairo e Costantinopoli, una serie di piccole cappelle venne eretta sul sito da parte dell'imperatore Costantino IX. I lavori dovettero seguire le rigide condizioni imposte dall'Imamato fatimide. I siti ricostruiti vennero conquistati dai cavalieri della prima crociata il 15 luglio 1099.

La prima crociata venne raffigurata come un «pellegrinaggio armato», per cui nessun crociato poteva considerare completo il viaggio senza aver pregato come pellegrino sul Santo Sepolcro. Il capo dei crociati, Goffredo di Buglione, che divenne il primo monarca crociato di Gerusalemme, decise che non avrebbe usato il titolo di "re", e si dichiarò Advocatus Sancti Sepulchri, "Protettore (o Difensore) del Santo Sepolcro". Il cronista Guglielmo di Tiro, riporta la data della ricostruzione a metà del XII secolo, quando i crociati iniziarono a restaurare la chiesa in stile romanico e vi affiancarono un campanile. Questi rinnovamenti unificarono i luoghi santi e vennero completati durante il regno della regina Melisenda, nel 1149. La chiesa divenne sede dei primi patriarchi latini e fu anche sede dello scriptorium del regno.

La chiesa, assieme al resto della città, fu presa da Saladino nel 1187, anche se il trattato firmato dopo la terza crociata consentì ai pellegrini cristiani di continuare a visitare il sito. L'imperatore Federico II del Sacro Romano Impero riconquistò la città e la chiesa con un trattato del XIII secolo, quando egli stesso era stato scomunicato dal papa, con il curioso risultato che la chiesa più sacra della Cristianità si trovò sotto interdetto. Sia la città che la chiesa vennero conquistate e pesantemente saccheggiate dall'impero corasmio (Khwarezmshah) nel 1244.

La Basilica del Santo Sepolcro fu di ispirazione per altre chiese in Europa, spesso a pianta circolare. Costruzioni ispirate al Santo Sepolcro furono, tra le altre, il Battistero di Pisa e la Basilica del Sepolcro a Bologna.

I frati francescani la rinnovarono ulteriormente nel 1555, essendo stata trascurata nonostante l'afflusso di un sempre maggior numero di pellegrini. Un nuovo incendio danneggiò gravemente la struttura nel 1808, provocando il crollo della cupola della rotonda e la distruzione delle decorazioni esterne dell'edicola. L'esterno della rotonda e dell'edicola vennero ricostruiti nel 1809-1810 dall'architetto Komminos di Mitilene, nello stile barocco turco dell'epoca. Il fuoco non raggiunse l'interno dell'edicola: le decorazioni in marmo della tomba, risalenti al restauro del 1555, rimasero intatte. La cupola attuale risale al 1870. Un grande restauro moderno ebbe inizio nel 1959, comprendente anche il restauro della cupola nel 1994-1997.

Oggi il rivestimento in marmo rosso applicato all'edicola da Komminos è deteriorato e si sta staccando dalla struttura sottostante. Dal 1947 viene tenuto in posizione da un'impalcatura in travi di ferro installata dal mandato britannico. Non si è ancora concordato un piano per il suo restauro.

Nel 1840, decine di pellegrini vennero calpestati a morte a causa di un incendio.

Nel 1847 papa Pio IX ristabilì a Gerusalemme il patriarcato di Gerusalemme dei Latini ed eresse la basilica del Santo Sepolcro a cattedrale patriarcale.

Nel 1852 fu emanato un decreto ottomano (conosciuto in Occidente come Statu Quo) per porre fine ai violenti dissidi soprattutto tra la Chiesa ortodossa greca e la Chiesa apostolica romana, rappresentata dalla Custodia di Terra Santa dell'ordine francescano. Il decreto, tuttora in vigore, ripristinò la situazione risalente al 1767, tenendo conto degli ulteriori diritti acquisiti anche da altre comunità cristiane, quali la Chiesa apostolica armena, la Chiesa ortodossa copta e la Chiesa ortodossa siriaca. Esso assegnò la Basilica quasi interamente ai greci ortodossi, il cui Patriarca vi ha infatti tutt'oggi la cattedra ed il katholikon, regolando altresì tempi e luoghi di adorazione e celebrazione per ogni Chiesa. Dal XII secolo le famiglie palestinesi musulmane Nusayba e Ghudayya, incaricate dal Saladino in quanto neutrali, sono custodi della chiave dell'unico portone di ingresso, sul quale nessuna Chiesa ha diritto.

L'ingresso alla chiesa avviene tramite una singola porta nel transetto sud. La chiave dell'ingresso viene custodita, per mantenere la pace tra le varie fazioni cristiane, dalla famiglia musulmana Nusayba, che ne mantiene la custodia fin da 1192, quando le fu affidata dal Saladino. Dopo periodi di tensione tra la famiglia Nusayba e le autorità ottomane, nel XVIII secolo, queste ultime nominarono la famiglia Joudeh per aiutare i Nusayba nel loro compito. Oggi la famiglia Jude assiste ancora i Nusayba, portando la chiave della chiesa a un membro della famiglia Nusayba, che apre e chiude la porta giornalmente.

Appena oltre l'ingresso si trova la Pietra dell'Unzione, che è ritenuta il luogo dove il corpo di Gesù venne preparato per la sepoltura. A sinistra (a ovest), si trova la Rotonda dell'Anastasi, sotto la più grande delle due cupole della chiesa, al centro della quale è posta l'edicola del Santo Sepolcro. In base a un decreto ottomano del 1852 (conosciuto in Occidente come «Statu Quo») le Chiese ortodossa, cattolica e armena hanno diritto di accesso all'interno della tomba, e tutte e tre le comunità vi celebrano quotidianamente la Messa. Viene usata inoltre per altre cerimonie in occasioni speciali, come la cerimonia del "Fuoco santo" che si tiene nel sabato santo, celebrata dal Patriarca greco-ortodosso di Gerusalemme. Dietro la rotonda, all'interno di una cappella costruita con una struttura in ferro su una base semicircolare in pietra, si trova l'altare usato dalla Chiesa ortodossa copta. Oltre a questa, sul retro della rotonda, si trova una cappella in stile grezzo che si crede sia la tomba di Giuseppe di Arimatea, nella quale la Chiesa ortodossa siriaca celebra la sua liturgia nelle domeniche. A destra del sepolcro, sul lato sud-orientale della rotonda, si trova la cappella dell'Apparizione, riservata all'uso della Chiesa cattolica.

Sul lato est opposto alla rotonda si trova la struttura, risalente alle Crociate, che ospita l'altare principale della chiesa, oggi il Catholicos greco-ortodosso. La seconda e più piccola cupola poggia direttamente sopra il centro del transetto che attraversa il coro dove è situato il compas, un omphalos un tempo ritenuto essere il centro del mondo.

A est di questo si trova una grossa iconostasi che demarca il santuario greco-ortodosso, davanti al quale sono posti il trono patriarcale e un trono per i celebranti episcopali in visita.

Sul lato sud dell'altare, attraversato un atrio chiuso, si trova una scalinata che sale alla Cappella del Calvario, o Golgota, ritenuta essere il luogo della crocifissione di Gesù, che è la parte più riccamente decorata della chiesa. L'altare principale della cappella appartiene alla chiesa greco-ortodossa, mentre alla chiesa cattolica è riservato un altare laterale.

Più a est nell'atrio chiuso ci sono delle scale che discendono fino alla Cappella di Sant'Elena, che appartiene agli armeni. Da lì, un altro insieme di scale porta alla Cappella dell'Invenzione della Santa Croce, cattolica, ritenuta il luogo dove venne ritrovata la Vera Croce.

La Cupola della Roccia, impropriamente chiamata talora Moschea della Roccia, è il più noto santuario islamico di Gerusalemme e uno dei più importanti di tutto il mondo islamico. Completata nel 691, è l'edificio islamico più antico del mondo ancora oggi esistente

Fu costruita fra il 687 e il 691, nell'era degli Omayyadi, dal 9º Califfo, 'Abd al-Malik ibn Marwān. È talora chiamata Moschea di Omar dal momento che, all'epoca del 2º califfo, 'Umar ibn al-Khattāb, fu costruito un oratorio in legno (successivamente andato a fuoco) sul posto in cui egli stesso aveva pregato al momento della sua visita alla Città Santa, dopo la conquista di Gerusalemme nel 637.

La sua cupola d'oro si staglia su tutte le altre costruzioni di Gerusalemme. La roccia al centro della moschea è ritenuta dai musulmani come il posto in cui Maometto, asceso al cielo nel suo miracoloso viaggio notturno, narrato dal Corano, completò il suo spostamento cominciato a Mecca, prima di cominciare la sua ascesa al cielo. Sulla medesima roccia Abramo sarebbe stato sul punto di sacrificare Ismaele (oppure Isacco) prima di essere fermato da Dio. Una "moschea estrema", al-Masjid al-Aqsā, fu costruita nelle sue immediate vicinanze per commemorare l'evento soprannaturale.

La Moschea (o Cupola) della Roccia fu fatta edificare dal califfo 'Abd al-Malik ibn Marwān sfruttando l'opera di artigiani bizantini forniti dall'Imperatore. È edificata a guisa di martyrium, una struttura finalizzata alla conservazione e alla venerazione di sante reliquie ed è un eccellente esempio di arte bizantina del periodo centrale.

Si dice che la moschea fosse stata sovvenzionata dal califfo omayyade per cercare di dare ai suoi sudditi un luogo sacro alternativo alla Ka'ba di Mecca che era allora sotto controllo del suo rivale, l'anti-califfo 'Abd Allāh b. al-Zubayr che, approfittando dei riti del pellegrinaggio canonico, faceva propaganda per sé e la sua causa.

Assurda l'idea che il califfo omayyade volesse imporre un santuario definitivamente alternativo alla Ka'ba, anche per un segno di distinzione che egli sollecitò: che cioè si compisse il tawāf (la circumambulazione) in senso orario, anziché antiorario come invece deve avvenire da parte del pellegrino che dovesse adempiere all'obbligo del hajj.

La moschea subì numerosi e profondi restauri, da quello del califfo abbaside al-Ma'mūn e d'età fatimide a quelli di epoca mamelucca e ottomana.

Durante le Crociate, i Cavalieri Templari, che credevano che la Moschea della Roccia fosse vicina alle rovine del Tempio di Salomone, posero il loro quartier generale nella Moschea al-Aqsā adiacente alla Cupola della Roccia fino a quasi tutto il XII secolo.

La pianta ottagonale della Moschea della Roccia resta uno dei più bei capolavori del genio umano e uno dei suoi tesori architettonici meglio conservati. La cupola d'oro che la sormonta si estende per 20 metri al di sopra della Nobile Roccia, a un'altezza di più di 35 metri sopra di essa.

La sura coranica Yā'Sīn è scritta sopra all'interno della smagliante copertura commissionata nel XVI secolo dal Sultano ottomano Solimano il Magnifico. La sura al-isrā' (Il viaggio notturno) è iscritta sopra la sura Yā'Sīn. Nel 1993 la copertura d'oro è stata sostituita grazie a re Husayn di Giordania, a causa della ruggine e dell'usura.

L'interno è riccamente dipinto, con archeggiature mosaicate a soggetto aniconici, e finestre schermate. Un'edicola esterna che riprende l'impianto ottagonale dell'edificio principale ospita la fontana per le abluzioni; è decorata con capitelli bizantini a traforo.

L'esterno della moschea è in maiolica, con versetti coranici nella cornice superiore e senza immagini o sculture antropomorfe.

La cupola originale di diametro 20,44 m fu costituita da una cupola esterna e un'altra interna, secondo Ibn al-Faqīh (903), il rivestimento esterno era fatto di lamine di piombo e lastre di rame dorato.

La cupola attuale ha un'altezza, dal livello di suolo al vertice, di 35,3 m, consistente in due calotte indipendenti in cui il passaggio tra le due calotte costituisce una galleria che prende la luce dall'interno grazie ad alcune aperture.

La cupola esterna e quella interna sono strutturate a nervature convergenti. Quelli della cupola esterna si innestano su un piano di posa fissato lungo il bordo esterno del tamburo. Questo bordo è costituito da travetti in legno congiunti ad incastro in modo da costruire una catena circolare continua. La nervatura esterna è rivestita da un'intelaiatura sulla quale è fissato il rivestimento.

Il tamburo ha un diametro di 20,44 m ed è formato da quattro contrafforti che portano dai quattro pilastri della rotonda interna, oltrepassano la muratura e sono visibili dall'esterno, dove si nota la sporgenza discordante con l'insieme del tamburo. Nel tamburo, sopra il livello del tetto si aprono 16 finestre, alcune delle quali sono le più antiche delle moschea, poiché il telaio simmetrico risale certamente ai lavori del 1318-19.

La muratura esterna venne parzialmente in luce per un breve periodo durante i lavori eseguiti nel 1873-74. Essa è costituita da pietre con altezza di 80 cm. I sette pannelli di facciata, alti stretti e rientranti, sono sormontati da archi semicircolari, mascherati nel 1552 dal rivestimento in terracotta che conferì loro un andamento a sesto lievemente acuto.

Il rivestimento esterno attuale è in marmo decorato con vari colori. Le decorazione consistono in scritte coraniche scolpite sul marmo.

Le aperture delle finestre erano schermate da vetri, secondo Ibn al-Faqīh (903), che afferma che nei muri e sopra il tamburo si aprivano 56 finestre originali. Grazie alle accurate ricerche di Richmond è ora possibile determinare la posizione nello spessore dei muri, come pure le dimensione delle strombatura.

Il muro ha uno spessore di 1,30 m. Il rivestimento in marmo dell'interno risulta nella strombatura della finestra per una profondità di 92 cm e si arresta a 15 cm dal mosaico esterno. Le finestre attuali sono schermate da una grata, quella esterna fa parte del rivestimento in ceramica ed è quindi databile al tempo dei lavori fatti al tempo del sultano ottomano Solimano nel 1552.

Ciascuno dei 4 portali (lunghi 2,6 m e alti 4,3 m) è definito da un architrave e da un soprastante arco rialzato. Gli architravi sono rivestiti sulla faccia inferiore in lamine di metallo, ramo e bronzo lavorato a sbalzo. I rilievi del disegno dei portali sono dorati, mentre il fondo è dipinto in nero, nella parte centrale in verde acqua. lungo I contorni delle attuali porte laminate risalgono al sultano Solimano 1552. All'epoca di al-Muqaddasi (985) le porte erano in legno, a pannelli intagliati preziosamente.

Le pareti interne sono rivestite da cima a fondo di lastre in marmo, dove di fronte si presentano 3 archi lungo ciascun lato dell'ottagono intermedio, sorretti da 2 colonne in marmo poste tra i due pilastri ad angolo rivestiti sempre in marmo.

Sopra i capitelli dorati corrono massicci travi di collegamento, con la faccia inferiore rivestita di lamine metalliche di 6 cm, lavorate e dipinte allo stesso modo delle travi.

Le colonne portano capitelli di vario ordine, alcuni corinzi, altri di stile composito. I fusti sono di diversa lunghezza, ma tale disparità è mascherata da un basamento in marmo. Fin dalla metà del XIX secolo ai non-musulmani era vietato accedere all'area sacra. Dal 1967 tuttavia ai non-musulmani è stato consentito l'ingresso salvo durante il periodo della preghiera islamica.

La Moschea al-Aqsā, fa parte del complesso di edifici religiosi di Gerusalemme noto sia come Monte Majid da parte dei musulmani e Har ha-Bayit dagli Ebrei. È situato nella parte orientale di Gerusalemme, un territorio disputato, governato da Israele da quando è stato occupato nel 1967, ma rivendicato dai palestinesi come parte del futuro Stato di Palestina. È la più grande moschea di Gerusalemme e può ospitare circa 5.000 fedeli all'interno e attorno ad essa.

L'espressione "al-Masjid al-Aqsā", traducibile come "La moschea ultima", deriva da una narrazione coranica che riferisce di un miracoloso viaggio effettuato dal profeta Maometto nel 621 circa. Secondo un versetto Maometto effettuò un viaggio in una sola notte su una cavalcatura misteriosa, Burāq, che lo condusse dalla "sacra moschea" (che si pensò fosse la Ka'ba di Mecca) alla "moschea estrema" (al-Masjid al-Aqsā), e da una roccia quivi esistente, Maometto sarebbe montato ancora una volta su Burāq per ascendere attraverso i 7 cieli, accompagnato dall'Arcangelo Gabriele, assistendo a scenari fantastici relativi ai condannati alle pene infernali e ai beati del Paradiso, accostandosi infine ad Allāh alla distanza di "due archi appena" prima di tornare nella sua casa terrena (quella della cugina Umm Hani di cui era ospite) per comunicare lo straordinario avvenimento ai fedeli. Il luogo della "Moschea estrema" non è esplicitamente definito ma fu presto associato alla città di Gerusalemme in cui, secondo la fede islamica, esisteva la roccia (su cui fu poi eretta la Moschea della Roccia) sopra la quale il profeta Abramo (Ibrāhīm), obbediente all'ordine divino, sarebbe stato in procinto d'immolare, senza porsi domande, il figlio Ismaele o Isacco prima di venire fermato dall'ordine di Dio.

Circa 50 anni dopo la morte di Maometto, tra il 687 e il 691, una volta distrutta la chiesa presente (di Santa Maria nuova), il califfo 'Abd al-Malik ibn Marwān costruì un santuario sopra tale roccia sacra e il nome che dette alla sua copertura, Qubbat al-Sakhra, significa "La Cupola della Roccia". Alcuni anni dopo di ciò, nel 709-715, il califfo omayyade al-Walīd I, figlio di 'Abd al-Malik, costruì una nuova moschea vicino alla Cupola della Roccia, sul sito di una precedente struttura lignea provvisoria edificata per volere del califfo 'Omar ibn al-Khattāb (c. 581-644), il califfo "ortodosso" che aveva conquistato Gerusalemme nel 637, cinque anni dopo il decesso di Maometto. Al-Walīd chiamò questa nuova moschea al-Aqsā, "moschea ultima".

La costruzione della moschea cominciò verso il 674, circa 48 dopo la data tradizionalmente fornita della morte di Muhammad. Poco rimane dell'originale struttura che, per la posizione della moschea sopra l'aggiunta artificiale edificata da Erode alla Montagna del Tempio, fu in costante pericolo di collasso. Nel 747 essa fu malamente danneggiata da un terremoto e poi ricostruita su assai maggiore scala. Nel 1099 essa fu distrutta ancora dall'attacco crociato a Gerusalemme e quindi convertita in un'ala del palazzo reale dei re crociati.

Danni dovuti a terremoti nel 1927 e nel 1936 hanno comportato la necessità di una pressoché integrale riedificazione della moschea, nel corso della quale antiche sezioni dell'originale moschea sono venute alla luce.

L'analisi delle travi lignee e dei pannelli rimossi dalla costruzione durante i restauri degli anni '30 mostrano che essi furono fatti in legno di cedro del Libano e di Cipro. Indagini al radiocarbonio indicano un ampio raggio di anni. Alcuni lacerti risalgono infatti al IX secolo e dimostrano come una parte del legname fosse stato precedentemente impiegato in costruzione più antiche.

Verso il 1119, il re Baldovino II di Gerusalemme, che aveva convertito la vasta moschea nel proprio palazzo, assegnò un'ala al piccolo e ancora poco conosciuto Ordine dei Cavalieri Templari. I Crociati chiamarono il Monte del Tempio "Templum Solomonis", dal momento che essi credevano che esso fosse sorto sopra le rovine del Tempio di Salomone, e fu da questa collocazione che l'Ordine derivò la sua denominazione di "Templari", parlando dei suoi appartenenti come dei "Cavalieri del Tempio" o semplicemente del "Tempio". I Templari usarono la moschea come loro quartier generale per molti anni e disegnarono gli altri edifici templari in Europa a forma rotonda, a causa dell'architettura del Monte del Tempio. I sigilli templari furono del pari spesso adornati col profilo di una cupola.

Quando Saladino riconquistò Gerusalemme nel 1187, riconvertì la struttura di al-Aqsa nuovamente in moschea.

Visto che una parte dei muri che circondano la moschea fa parte del Muro occidentale venerato dagli ebrei, questa struttura relativamente piccola a Gerusalemme può diventare fonte di attrito. Un gruppo di Ebrei, noto come i "Fedeli del Monte del Tempio" ha espresso il desiderio di riedificare l'antico Tempio ebraico di Gerusalemme in quest'area, giungendo fino ad attaccare la moschea nel 1990, difesa però dai palestinesi musulmani, mentre non poco ambiguo fu un attentato condotto a termine da un australiano (cristiano protestante) che incendiò una parte della moschea. D'altra parte, sono numerosi gli episodi di lanci di pietre da parte dei frequentatori della moschea verso i fedeli ebrei che pregano accostati al Muro, posto più in basso.

La "Seconda Intifada" scoppiò allorché Ariel Sharon effettuò la sua controversa visita (o passeggiata) nell'area sacra nel settembre del 2000, al fine di riaffermare la volontà di Israele di non cedere mai Gerusalemme. Dal nome della moschea ha preso il nome l'organizzazione guerrigliera (ma per alcuni terroristica) delle Brigate dei Martiri di al-Aqsā.

Alcuni musulmani hanno accusato Israele di aver indebolito i muri della moschea nel corso degli scavi archeologici che cominciarono nel 1967 e che continuano ancor oggi. In risposta a tali accuse di procurata instabilità, restauri sono stati avviati dalla Fondazione Islamica dei Waqf (fondazioni pie). Il Waqf islamico si occupa della moschea di al-Aqsā, insieme alla maggior parte dei più importanti edifici islamici in Israele.